Cette affaire est l’un des secrets les mieux gardés du pouvoir algérien. En vertu des accords d’Évian de mars 1962, qui ont mis un terme à sept ans de guerre, la France obtient la jouissance de la base navale de Mers el-Kébir pour une durée de quinze ans. Site stratégique situé dans l’agglomération d’Oran, deuxième ville du pays, Mers el-Kébir n’en est pas moins une enclave française.
Les Algériens qui s’y rendent doivent se soumettre aux contrôles des gendarmes et des militaires français, « comme s’ils traversaient une frontière séparant deux pays distincts », écrit Benyelles. La France a donc encore un pied dans l’Algérie indépendante. Très sourcilleux sur la souveraineté territoriale, Boumédiène conclut secrètement un accord avec le président de Gaulle.
Les essais nucléaires français se poursuivront pendant presque deux décennies
En échange de l’évacuation de Mers el-Kébir, la France obtient l’autorisation de poursuivre ses expérimentations d’armes chimiques, bactériologiques et atomiques sur le site B2-Namous, dans le désert algérien. Le 2 février 1968, le drapeau algérien flotte sur la base de Mers el-Kébir. Les essais nucléaires français, dont l’existence sera révélée pour la première fois en 1997 par Le Nouvel Observateur, se poursuivront pendant presque deux décennies.Officiellement, ces expérimentations ont pris fin en 1978. Faux, soutient le général Benyelles : « Très discrètes, les activités sur ce périmètre désertique cesseront en 1986, sous la présidence de Chadli Bendjedid. » Plusieurs années plus tard, Bouteflika enragera contre son ancien mentor en apprenant l’existence de cet accord passé avec de Gaulle. « Boumédiène m’a fait un enfant dans le dos ! » dira-t-il à l’un de ses proches.
