Fonction publique : Dans quels cas l’arrêt maladie est-il déduit de votre salaire ?
Par une instruction adressée le 13 août 2026 aux responsables des ressources humaines, la Direction générale de la Fonction publique (DGFP) fixe le cadre légal des absences des agents de l’État. Le document apporte des clarifications attendues sur le calcul des retenues sur salaire.
Lorsqu’un congé maladie prend fin juste avant le week-end ou un jour férié, la déduction financière s’arrête net. L’administration retient uniquement les jours figurant sur l’arrêt médical. Les jours de repos contigus restent intacts.
Le scénario diffère si le week-end s’insère au milieu de l’arrêt de travail. Dans ce cas précis, la DGFP intègre ces jours de repos dans le décompte global. L’employeur applique alors la retenue sur l’ensemble de la période.
Retenue sur salaire : les règles d’application
Face à la multiplication des arrêts de travail discontinus et suspects, l’employeur public conserve le droit de diligenter une enquête administrative, en coordination avec les autorités compétentes, conformément à l’article 203 de l’ordonnance n° 06-03. S’il est avéré que le congé est infondé, il est qualifié d’arrêt de complaisance.
Il ne saurait alors justifier l’absence, entraînant une retenue automatique sur salaire ainsi qu’une procédure disciplinaire.
Par ailleurs, la DGFP rappelle que tout arrêt maladie n’ayant pas été visé par les services de la Caisse nationale des assurances sociales (CNAS) est automatiquement assimilé à un congé de complaisance et soumis aux mêmes dispositions coercitives.
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S’appuyant sur l’article 207 (alinéa 2) de l’ordonnance n° 06-03, le document précise que toute absence non autorisée au préalable ou dépourvue de motif valable donne lieu à une retenue sur salaire proportionnelle à la durée d’absence.
Cette déduction s’applique de manière automatique et peut impacter les primes liées au rendement et à l’évaluation des performances.
Sanctions disciplinaires : le cadre juridique
Ces manquements à la discipline générale constituent une faute professionnelle. Outre la coupe financière, le fonctionnaire risque des sanctions disciplinaires graduelle, fondées sur l’article 161 du statut général de la Fonction publique.
L’autorité d’investiture inflige les sanctions des premier et deuxième degrés pour faute de discipline ou trouble à l’ordre général. Elle exige au préalable des explications écrites de l’agent. Des absences répétées ou perturbatrices déclenchent en revanche des sanctions du troisième degré.
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L’administration vise aussi les retards répétés et les départs prématurés. Dès que le cumul de ces heures perdues atteint une journée de travail, la hiérarchie retient un jour de salaire et applique une sanction disciplinaire.
L’absence s’étire sur quinze jours consécutifs sans motif ? L’autorité envoie une mise en demeure, puis prononce la révocation pour abandon de poste, conformément à l’article 184 de l’ordonnance 06-03.
