Au début, le corps structurel des zones de commandement du GSPC a été composé de 9 régions. Chaque zone a ses propres phalanges qui contrôlent le territoire reparti sur l’ensemble de « L’Empire Islamique du Désert ».
L’organigramme de l’organisation est constitué d’un Conseil des notables, qui est l’organe suprême de l’organisation. Ce conseil regroupe les émirs des différentes régions, de notables choisis au niveau de chaque phalange.
Les personnes éligibles à ce conseil doivent remplir obligatoirement des conditions, qui tiennent en compte l’ancienneté, l’expérience, et « la piété ».
Le deuxième organe au sein d’AQMI, c’est le Conseil Consultatif. Ce conseil est composé de notables déjà cités et de présidents des différentes commissions (communication, militaire, sanitaire, relations extérieures, …). Le conseil peut par exemple solliciter l’avis des certains spécialistes à la délibération des questions sensibles.
La région du sud est composée de deux Katibats (phalanges), et deux sariyats (compagnies militaires), selon la structure administrative de l’organisation. Mais la diversité des zones de contrôle impose parfois la création des nouvelles compagnies militaires pour sécuriser et assurer la patrouille des régions sous contrôle. Ceci a permis la mise en place de Sariyat AL Forquan, dont le commandement a été confié à l’algérien Yahya Abou Hamam (Jamal Oukacha). Les mêmes circonstances ont été également derrière la création d’un autre Saryat dirigé par Malik Abou Abdel Karim, un jeune jihadiste touareg.
1. Abdelmalek Droukdel alias Abou Moussaab Abdel Wadoud:
C’est l’Emir Général d’AQMI, autrement dit la première personnalité au niveau de l’organisation. Cet algérien né en 1970, il entame sa carrière djihadiste depuis les années 90. Il a gravi les échelons au sein du GSPC algérien, avant d’accéder aux commandes de cette organisation en 2004.
Ingénieur de formation, Droukdel est l’architecte de l’affiliation (allégeance) du GSPC à Al-Qaïda. Il est accusé par les pays de sous-régions d’être notamment le responsable des attentats meurtriers contre le siège des Nations Unis en Alger.
2. Moussa Abou Daouad:
Ancien lieutenant du GSPC, connu d’être très proche d’Abdelmalek Droukdel. Il a été nommé récemment par l’Emir Général d’AQMI pour commander la région de sud où il vient remplacer l’ancien émir de cette zone, Yahya Jawadi. Mais pour des raisons liées sa sécurité, le nouveau émir n’a pu se mettre au travail, car sa sortie de l’Algérie lui expose au risque d’arrestation.
3. Nabil Makhloufi alias Nabil Abou Alqama:
Il est l’un de collaborateurs intimes de Abdelmalek Droukdel, ce dernier lui a confié la mission de règlement des différends qui opposent les lieutenants du terrain, et de superviser certains tâches essentiels. En attendant l’arrivée de Moussa Abou Daouad, c’est Makhloufi qui assure l’intérim de commandement.
4. Yahya Jawadi alias Abou Amar:
Le commandent de « l’Emirat du Désert », l’une de zone d’influence la plus importante d’AQMI. Jawadi jouit d’une bonne réputation et d’une grande confiance au sein de la nébuleuse. Il est également algérien comme ses prédécesseurs.
5. Abdel Hamid Abou Zeid:
C’est le lieutenant de la katibat de Tarek Ben Zeyad, son vrai nom c’est Khadir Mahmoud. Né en 1957, Abou Zeid est considéré comme « le doyen des djihadistes » du désert vu son âge. Sa katibat est la responsable de l’exécution d’Edwin Dyer au nord Mali.
Le nom de Abou Zeid figure sur la liste des personnes les plus recherchées par les services de renseignement des pays du sahel, pour son implication dans plusieurs attentats et opérations de rapt contre de citoyens occidentaux. Il est condamné par contumace à la prison à vie par les autorités judiciaires de son pays natal.
6. Jamal Oukacha alias Yahya Abou Alhamam:
Né en 1978 dans une ville près d’Alger, Il est le commandant de la Saryat AL Fourquan. Certains pensent qu’il est l’une des personnalités pivot au sein de l’organisation. La Mauritanie lui impute la responsabilité d’être derrière plusieurs attaques contre son armée. Il est accusé par la France d’être l’exécuteur de Michel Germano.
Alliés et les complices
AQMI entretient des relations de « complémentarité et de collaboration » avec plusieurs groupes armées actives dans le désert.
Parmi les alliés principaux d’AQMI, on peut citer:
1. Le Mouvement d’Ansar Edine:
C’est un mouvement armé d’obédience salafiste, fondé par l’ancien rebelle touareg, Iyad ag Ghali, qui était à la tête du Mouvement populaire de l’Azawad (MPA) pendant les années 1990. Ag Ghali a occupé de postes de haut rang dans l’administration malienne, avant de rompre les contacts avec les autorités de Bamako pour créer son propre mouvement (Ansar Edine) l’année passée.
Certains pensent qu’Ag Ghali était le premier à décréter le Jihad contre Bamako. Et c’est lui qui a déclenché les premiers combats qui ont opposé l’armée régulière malienne aux mouvements armés dans le nord du pays.
Ag Ghali a bénéficié de ses références idéologiques pour tisser des liens très étroits avec AQMI. Ceci a poussé certains à dire qu’Ansar Edine n’est qu’une vitrine derrière laquelle se cache AQMI.
Un groupe islamiste armé crée en Octobre 2011 par des djihadistes arabes, qui ont déserté AQMI. Le mouvement est l’auteur du rapt de six diplomates algériens le 5 avril dans le nord du Mali. L’émir du mouvement est Ahmed Ould Amar, alors que certains observateurs pensent que le seul maître à bord du mouvement, c’est le chef de la commission de Fatwa, le mauritanien Hamada Ould Mohamed Khaïry.
3. Mouvement des fils du Sahara pour la justice Islamique (MSJI):
La proclamation de ce mouvement remonte au 17-10-2007. Le mouvement a perpétré plusieurs attenants, qui ont ciblé une société pétrolière algérienne installée dans la zone d’In Amenas. Il a mené des négociations avec le régime algérien, qui ont été soldées par la division du mouvement en deux clans. L’un de ces clans a rejoint AQMI pour «participer aux efforts de l’instauration de la justice islamique en Algérie».